La flora e la vegetazione di Montecristo hanno subito gravi alterazioni nel corso dei secoli a causa dello sfruttamento antropico ed attualmente il carico di erbivori (capre e conigli selvatici) limita la sopravvivenza di talune specie. Alle oltre 300 entità botaniche sicuramente spontanee e tutt’oggi presenti nell’Isola, sono da aggiungere 20 specie che sono state ritrovate dopo le prime raccolte o che sono state introdotte a scopi ornamentali o agricoli: palme, agavi, oleandri (foto a lato), eucalipti, allori, magnolie, olivi, carrubi, viti, pini domestici, pini d’Aleppo e molte altre, fra cui l’ailanto (Ailanthus altissima) che purtroppo è divenuto fortemente infestante, tanto da costituire una delle maggiori emergenze ecologiche della riserva. La vegetazione dell’Isola, che doveva essere originariamente costituita da una fitta macchia mediterranea, dominata, almeno nella fascia più elevata dal leccio, oggi è rappresentata da una copertura a chiazze, costituita da macchia più o meno degradata a prevalenza di eriche (Erica arborea, Erica scoparia) (foto a lato) che in alcuni settori raggiungono dimensioni notevoli,a cui si accompagnano rosmarino (foto a lato), cisto, elicriso, maro e specie più sporadiche.

I lecci sono soltanto qualche decina, in gran parte decrepiti e cadenti, siti in prossimità del Colle dei Lecci. La loro rinnovazione naturale è praticamente impedita dal numero eccessivo di capre e di altri erbivori che distruggono le ghiande e le giovani piantine.

Le specie introdotte si trovano quasi tutte nell’area circostante la ex villa reale, e nel loro insieme assumono l’aspetto di un arboreto ornamentale. A poca distanza dalla villa si trova un piccolo bosco di eucalipti e qualche gruppo di pini (Pinus halepensis e P. pinea).

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