Il paese di Paganico fu voluto dai senesi, come guardia della Valle dell'Ombrone.
Siena teneva in modo particolare alla costruzione di questo borgo, come dimostrato dalle sollecitazioni che rivolgeva agli abitanti dei paesi vicini a far si che edificassero il paese stesso , ed agli incentivi offerti a chi vi si trasferiva.Nel 1295 le mura erano già state iniziate e le porte costruite, e si ordinava di ricercare uomini per terminare la costruzione della chiesa.
Paganico doveva, però, essere un centro già molto attivo, visto che, fin dal 1273, si era stabilito di effettuare il mercato ogni settimana e si era fissata nel giorno di settembre dedicato a Sant'Angelo la ricorrenza per la grande festa che per tre giorni consecutivi attirava i mercanti delle terre vicine e della stessa Siena.
Questa tradizione sopravvive ancor oggi nella Sagra paesana che si organizza in coincidenza con la festa di San Michele Arcangelo.La a fortificazione fu ultimata nel 1335 con un costo eccezionale a testimonianza di quanto Siena tenesse a questo Borgo, necessario per il controllo della Maremma e per l'accesso alla costa, in particolare al porto di Telamone.
La Repubblica l'aveva infatti acquistato nel 1303 dall'Abbazia di San Salvatore sul Monte Amiata.Dopo la caduta della repubblica senese nel 1555 anche Paganico fu messo a ferro e fuoco dagli imperiali, semidistrutto e i suoi abitanti trucidati.
Il suo territorio fu annesso al granducato di Toscana che nel 1602 lo rese marchesato per il principe Antonio dei Medici, supposto figlio di Francesco I.
La sopraelevazione della porta cassero fu voluta proprio da quest'ultimo come alloggio del Marchese di Paganico.0
