Il nome del paese deriva da "in prunetis" o "in pinetis" e risale all'epoca etrusca come testimoniato dai reperti archeologici ritrovati nei dintorni.
La romanizzazione dell'intero agro fiesolano determinò in seguito il cambiamento dell'organizzazione economica dell'intero territorio chiantigiano e l'area di culto, ancora attiva nel I sec.
a.C., perse in quel periodo il suo ruolo territoriale con un probabile ridimensionamento verso quello locale, mantenendo tuttavia la funzione di luogo di scambio che l'antichità del sito aveva sicuramente contribuito a rendere famoso.
Durante il periodo medievale Impruneta acquista un ruolo di rilievo assumendo la guida di una delle 72 leghe del contado fiorentino.
Per cinque secoli la famiglia dei Buondelmonti gestì la comunità imprunetina.
Dopo la distruzione del castello dei Buondelmonti, questi esercitarono il giuspatronato sulla Pieve di Santa Maria all'Impruneta, chiesa divenuta celebre per il culto dell'Immagine della Vergine.
La Sacra Immagine della Signora delle Acque fu portata molte volte in processione a Firenze per chiedere i miracoli, come ad esempio in occasione delle grandi piogge nel 1368 e nel 1392, della siccità che colpì la città nel 1534 o durante l'assedio degli Spagnoli nel 1529.
Da un punto di vista amministrativo Impruneta, insieme al Galluzzo, divenne capoluogo di una "lega", poi podesteria, che comprendeva il territorio a sud di Firenze, a ridosso della cerchia muraria cittadina.
Nel 1536 Alessandro de' Medici divise la podesteria in quartieri: San Pietro a Monticelli, Santa Margherita a Montici, Sant'Alessandro a Giogoli e Santa Maria all'Impruneta.
In seguito, con la nascita delle "comunità" o comuni, il territorio dell'Impruneta fu unito a quello del Galluzzo costituendo un'unica amministrazione.
Nel 1928, soppressa la municipalità del Galluzzo, l'Impruneta riconquistò la propria autonomia.0
