Anticamente il borgo di Calcinaia era chiamato Vivo Vitri, attribuito proprio per la lavorazione di stoviglie.Il borgo nasce sulla riva sinistra dell'Arno, mentre attualmente si trova su quella destra.
Sorse in epoca medievale, prima dell'anno 1000, nel 975 il Vescovo Alberico da Pisa chiede in enfiteusi ai due figli del Marchese Oberto la concessione della Chiesa plebana di S.
Giovanni Battista e quella di S.
Pietro a Vico Vitri; della stessa Pieve se ne riparla in una bolla di Celestino III spedita il 13 novembre 1193 al pievano di allora.
Dopo questo evento il borgo acquistò l'attuale nome, in riferimento alle numerose fornaci di calce che erano sorte nel territorio circostante.
Grazie a queste nuove industrie, Calcinaia divenne "l'industria di Pisa".
Il processo di industrializzazione notevolissimo negli anni sessanta, si è sviluppato soprattutto nella frazione di Fornacette dove sono nate, negli ultimi decenni, piccole, medie e grandi imprese di produzione e di servizi che occupano molta manodopera, mentre il capoluogo, sede degli Uffici comunali, ha invece sviluppato il settore terziario anche se non mancano anche qui alcune aziende produttive e di servizi.
Oltre alla Torre, Calcinaia ha in S.
Giovanni Battista la chiesa maggiore, dove sono conservati i resti di S.
Ubaldesca Taccini.
Nata in una famiglia di contadini sentì fin da giovanissima la vocazione religiosa e vestì l'abito di monaca nell'ordine gerosolimitano, fino a divenire, la Santa protettrice dell'Ordine dei Cavalieri di Malta.0
