Pergine Valdarno occupa una parte del sistema collinare che separa la valle dell'Arno da quella della Chiana ed è collegato con l'area senese e chiantigiana tramite il corridoio naturale formato dai bacini idrografici dei torrenti Scerfio e Ambra.Nell'XI secolo sorgeva già il castello e la relativa corte, il castello fu citato per la prima volta nei primi decenni del 1000, quando apparteneva alla Badia Prataglia.
Entrò a far parte dello stato fiorentino quando l'abate allora in carica pose Pergine, insieme a tutti gli altri possessi dell'abbazia, sotto la protezione della Repubblica (1349).
Nel 1568 Cosimo I de' Medici pose sotto la sua signoria le cinque comunità che costituivano il territorio dell'abbazia, e cioè Badia di Agnano, Migliari, Montozzi, San Pancrazio e Pergine.
Le risorse economiche di Pergine Valdarno nel passato erano essenzialmente agricole: nelle zone più alte prevalevano i boschi e i pascoli, sostituiti più in basso da olivi, alberi da frutto, viti e quindi in piano da cereali, mais, legumi; molto sviluppata era la coltura del gelso e un buon apporto dava anche l'allevamento del bestiame, soprattutto ovino e suino.
Nel secolo scorso fu inoltre scoperta nel territorio una sorgente di acqua medicinale.
Attualmente l'agricoltura, che dà cereali, foraggi, vino, olio e ortaggi, ha assunto un ruolo di secondo piano rispetto all'industria: nel comune operano manifatture di abbigliamento, una fabbrica alimentare per la produzione di prosciutti, aziende artigiane di oreficeria; vi è inoltre uno stabilimento che imbriglia l'anidride carbonica, di cui è ricco il suolo, per la produzione del ghiaccio secco.0
